Des services maritimes réguliers relient ces deux ports depuis le milieu du XIXe siècle, lorsque les navires à vapeur ont commencé à desservir les ports isolés le long de la mer Tyrrhénienne. Les navires d'aujourd'hui partent du port Tino Rossi dans la capitale, passant devant les îles Sanguinaires avant de contourner le Capo di Muro et d'entrer dans les eaux libres du golfe de Valinco. La traversée dure environ trois heures dans chaque sens, selon les conditions de mer et le nombre d'escales intermédiaires dans des villages comme Propriano ou Porto-Pollo.
Bonifacio elle-même occupe l'un des sites géologiquement les plus improbables de la Méditerranée. La vieille ville est perchée sur des falaises de calcaire de 70 mètres qui ont été sapées par des millénaires d'action des vagues, laissant les bâtiments perchés sur ce qui semble être une étagère suspendue de pierre blanche. Le port naturel en contrebas, une étroite crique semblable à un fjord, a abrité des galères génoises, des navires marchands pisans et des navires de guerre français au cours de huit siècles d'occupation contestée. Les remparts de la citadelle, commencés au IXe siècle et largement reconstruits sous la domination génoise dans les années 1200, commandent toujours l'entrée des bouches de Bonifacio, le canal de 11 kilomètres séparant la Corse de la Sardaigne.
La plupart des forfaits d'excursion en bateau d'Ajaccio à Bonifacio incluent un transfert en petit train qui fait le tour des rues étroites de la ville haute, donnant accès à des points de vue au-dessus des falaises et au cimetière marin où des pierres tombales patinées font face à la mer. Le tracé du train a été établi en 1985 pour gérer la congestion piétonne dans le quartier médiéval, où certains passages mesurent moins de deux mètres de large. Les traversées de retour quittent généralement Bonifacio en fin d'après-midi, permettant quatre à cinq heures sur place. Le calendrier reflète les marées et les vents dominants de nord-ouest qui peuvent rendre la traversée exposée inconfortable en début de soirée.
L'approche maritime de Bonifacio révèle des caractéristiques invisibles depuis la terre : des grottes marines creusées dans la base de la falaise, l'escalier du Roi d'Aragon taillé dans la roche, et les couches de calcaire stratifié qui témoignent de 15 millions d'années de dépôt sédimentaire. Ces falaises se sont formées lorsque le bassin méditerranéen s'est rempli après la crise de salinité messinienne, une période où la mer s'est évaporée presque entièrement il y a entre 5,96 et 5,33 millions d'années. L'excursion à la journée d'Ajaccio à Bonifacio reste l'un des rares moyens de témoigner de cette géologie au niveau de l'eau tout en reliant deux des localités historiquement charnières de Corse.
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